Bayek sempre soube que seu destino estava em Siuá. Ele se tornará protetor da cidade, assim como o pai. Mas, quando um mensageiro misterioso chega à cidade, sua espera pacífica chega ao fim.

O protetor parte imediatamente após receber a mensagem, deixando para trás um rastro de perguntas e incertezas. Bayek então inicia uma jornada em busca de respostas. Enquanto ele segue o Nilo em sua procura, por todo o país uma conspiração se desenrola.

A Ordem descobre movimentos que indicam que os Medjay, os protetores da antiga crença, ainda resistem e ameaçam as mudanças que se espalham pelo Egito. Um Assassino é então convocado com o objetivo

de destruir toda a linhagem Medjay. O antigo e o novo travam uma batalha silenciosa e sangrenta enquanto vemos nascer a primeira faísca da guerra entre os Assassinos e os Templários.