PRIMEIRA CLASSE: Anos 60. Charles Xavier (James McAvoy) é formado em teologia e filosofia e realiza um trabalho de pós-graduação junto às Nações Unidas. Na univesidade de Oxford ele conhece Erik Lehnsherr (Michael Fassbender), filho de judeus que foram assassinados pelos nazistas durante a 2ª Guerra Mundial. Erik apenas escapou graças ao seu poder mutante de controlar metais, que permitiu que fugisse para a França. Ao término da guerra, Erik passou a trabalhar como intérprete para a inteligência britânica, ajudando judeus a irem para um país recém fundado, hoje chamado Israel. Charles e Erik logo se tornam bons amigos, mantendo um respeito mútuo pela inteligência e ideais do outro. Em 1965, Charles dezide usar seus poderes psíquicos para ensinar jovens alunos mutantes a usarem seus dons para fins pacíficos. Nasce a Escola para Jovens Superdotados, gerenciada pelos dois amigos. DIAS DE UM FUTURO ESQUECIDO: No futuro os mutantes são caçados impiedosamente pelos Sentinelas, gigantescos robôs criados por Bolívar Trask. Os poucos sobreviventes precisam viver escondidos, caso contrário serão também mortos. Entre eles estão o Professor Charles Xavier, Magneto, Tempestade, Kitty Pryde e Wolverine, que buscam um meio de evitar que os mutantes sejam aniquilados. O meio encontrado é enviar a consciência de Wolverine em uma viagem no tempo, rumo aos anos 1970. Lá ela ocupa o corpo do Wolverine da época, que procura os ainda jovens Xavier e Magneto para que, juntos, impeçam este futuro trágico para os mutantes se torne realidade.