O estudo da biologia de Aristóteles mostra que seu método é praticamente o mesmo que hoje chamamos de método científico. Diferentemente do que autores do passado sugeriram seu método não é o demonstrativo, mas sim o que se chama hoje de método dialético de Aristóteles. Na biologia ele parte das opiniões confiáveis de autores anteriores, e dos dados obtidos nos próprios animais. Depois ele contrasta tais opiniões e os dados obtidos, tentando compatibilizá-los para depois concluir. Os principais conceitos que Aristóteles criou para a biologia são comparação, semelhança e diferença, além de utilizar alguns de seus principais conceitos filosóficos, como matéria, forma, identidade e analogia. O método dialético inclui vários procedimentos, entre eles os métodos comparativo, empírico e descritivo, todos essenciais à biologia. Graças a esses conceitos, Aristóteles formulou vários princípios, decisivos para o desenvolvimento da biologia, entre eles os conceitos de grupo natural, o plano geral de construção corporal, o princípio de correlação das partes, e a lei da embriologia segundo a qual os atributos genéricos aparecem antes daqueles da espécie. Reconhecendo os grupos naturais, Aristóteles já tinha em mãos uma taxonomia, onde ele não dá prioridade à função como tem sido sugerido, mas antes enfatiza os caracteres morfológicos. Aristóteles foi quem pela primeira vez utilizou o conceito de analogia, para indicar semelhança em funções ou em propriedades nos animais. O mesmo se deu com o conceito de homologia, que ele chamava de identidade. Os caracteres idênticos permitem reunir os animais em grupos naturais; enquanto que os análogos permitem distinguir os gêneros. Em relação às quatro causas de Aristóteles, é na biologia que elas são mais facilmente reconhecidas. As causas formal e final têm relação com a função dos órgãos e de suas partes; de modo que o que se chama de teleologia é realmente o que entendemos hoje por fisiologia. Matéria, com o sentido de gênero, é a matéria relativamente indeterminada, mas com potencial para ser determinada pela forma. A causa eficiente de todas as vísceras é o coração, que é lógica e temporalmente anterior às demais. A maior contribuição de Aristóteles para a biologia não foi o conteúdo empírico de suas obras, mas sim o desenvolvimento dos diferentes conceitos e métodos, alguns dos quais são utilizados em inúmeras áreas de investigação até hoje, como é o caso do método comparativo.