Hipátia nasceu em Alexandria por volta do ano de 370 d. C. Era filha de Theon, um matemático, filósofo e astrónomo conhecido no seu tempo. Hipátia estudou em Atenas, e, de regresso, à sua cidade natal, tornou-se professora de matemática e de filosofia. Era uma oradora carismática e manteve-se solteira declarando-se «casada com a verdade». Escreveu comentários a obras clássicas, como à Aritmética de Diofanto e às Secções Canónicas de Apolónio e tudo indica que conhecia a obra de Ptolomeu. Pelas cartas escritas por Sirenius, um dos seus alunos, sabemos que se dedicou também à construção de astrolábios. Em termos filosóficos, era neoplatónica, uma escola que na sua época e em Alexandria tinha a oposição dos grupos cristãos. Segundo testemunhos mais ou menos lendários era também uma mulher muito bela.
No ano 415, Hipátia foi brutalmente assassinada por uma turba de cristãos que a considerava herege. Existem diversas versões do seu fim, sendo a mais difundida a de Edward Gibbon em O Declínio e a Queda do Império Romano. Segundo Gibbon, numa manhã da Quaresma de 415, Hipátia foi atacada na rua quando regressava a casa na sua carruagem. A multidão arrancou-lhe os cabelos e a roupa, depois os braços e as pernas e queimou o que restava do seu corpo.
Hipátia foi um dos últimos intelectuais conhecidos a trabalhar na Biblioteca de Alexandria e a primeira mulher matemática que a história regista. Por isso a sua morte violenta foi considerada o fim do período antigo da matemática grega.
Voltaire e Bertrand Russell comentaram com apreço o seu trabalho. Hipátia foi tema de um romance de Charles Kingsley, e recentemente o espanhol Alejandro Amenabar realizou um filme, Ágora, sobre a sua vida.