'Mortos incômodos' é a história da perseguição a um tal 'Morales', suposto assassino de um militante, dado como morto em 1971, mas que estaria fazendo ligações acusando seu algoz. Um detetive particular é designado para seguir, na cidade do México, o rastro de Morales, que seria fonte e eixo de inúmeros crimes cometidos à sombra do aparato estatal mexicano. Paralelamente a essa investigação, desenvolve-se outra em Chiapas. Nela, o investigador zapatista Elías Contreras recebe a missão de encontrar também um certo 'Morales'. Segundo os papéis que o filho do romancista espanhol Manuel Vázquez Montalbán faz chegar ao EZLN (Exército Zapatista de Libertação Nacional), Morales estava envolvido em operações criminosas para a venda de recursos naturais para multinacionais, em uma estranha conexão que vai de Barcelona à cidade do México, passando pela selva.