Felícito Yanaqué é o dono de uma empresa de transportes em Piura, no norte peruano. Um dia, antes de ir ao trabalho, se surpreende ao encontrar uma carta anônima, presa à porta de sua casa. Sua família e sua empresa serão protegidas, diz o texto, mediante um pagamento mensal. Como assinatura, uma sinistra aranha, atrás da qual se escondem os chantagistas. Mas ele é um homem que aprendeu com o pai a não se curvar a nada, e fará o possível para combater esse perigo invisível. A partir de então, mergulha numa rede de ameaças que irá colocar em risco não só seu trabalho, mas as pessoas que ama.

Em paralelo, em Lima, Ismael Carrera, viúvo septuagenário, dono de uma companhia de seguros, decide mudar completamente o rumo de sua vida. Sabendo que os filhos gananciosos querem apenas seu dinheiro, ele se casa secretamente com uma mulher bem mais jovem, que trabalhou como empregada na casa da família. Seus filhos, inconformados, farão de tudo para destruir a vida do pai.

Felícito e Ismael terão de lutar, mas não estão sozinhos. Em O herói discreto, de maneira brilhante, Mario Vargas Llosa traz à cena alguns de seus mais cativantes personagens — o sargento Lituma, além de don Rigoberto, Lucrecia e o jovem Fonchito — para tomarem parte nessa luta.