O Japão do final do século XVI é tido como a era das Guerras Civis. Senhores feudais lutavam entre si por território e poder. Miyamoto Usagi enfrentou muitas batalhas e sobreviveu a horríveis carnificinas, até perder o seu senhor e ver-se desempregado. Enquanto os outros samurais se voltavam ao crime e ao trabalho mercenário, Usagi escolheu o caminho da peregrinação. Viajando pelo país, ele luta contra a injustiça e vai aperfeiçoando suas habilidades espirituais e marciais. Neste primeiro volume, Usagi se junta a seu amigo Gen, o rinoceronte aventureiro, e às Tartarugas Ninjas para proteger um sensei ancião de um maligno clã ninja. Suas viagens também o levam a uma remota vila sob a ameaça de perigosos assassinos e só Usagi fica entre suas impiedosas lâminas e a destruição da comunidade.